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Prédire un cancer de l’utérus grâce aux gènes

Sur une base de plus 53 000 gènes appartenant à un patient, TADA a identifié les 4 gènes clés prédisposant au cancer de l’utérus.

Industrie

Santé – Recherche médicale

TEMPS d'EXECUTION du projet

Trois jours

BENEFICES client

  • Des résultats opérationnels en 3 jours au lieu de 6 mois
  • Un sous-ensemble de 4 gènes identifié au lieu de + de 53 000

Problèmes à résoudre

Vingt chercheurs en médecine basés à Paris ont accès aux génotypes de 90 patients. Chaque génotype contient plus de 53000 gènes. 21 des 90 patients sont sujets au cancer de l’utérus. L’objectif est de trouver un moye de prédire le cancer de l’utérus à partir du génotype. Les 53000+ gènes ne sont pas tous pertinents. Les chercheurs veulent savoir quels gènes sont les variables clés à considérer dans l’élaboration d’un test prédictif

Ils veulent aussi connaître l’exactitude de ces prédictions

Objectifs

  • Identifier avec précision les cas de cancer de l’utérus en réduisant le nombre de gènes à analyser
  • Optimiser l’utilisation de l’énorme quantité de données disponibles (90 fois 53000+) , sans data scientist au sein de l’équipe

 

Cela nécessite de répondre à la question suivante en matière de recherche médicale : 

Pouvons-nous prédire avec précision quelles femmes sont, ou seront, malades du cancer de l’utérus avec l’analyse de seulement quelques gènes ?

Performance of model prediction
Global influence overview of the model

Les diagrammes suivants donnent les changes de développer un cancer, à partir de l’expression de la valeur des gènes :

Training phases of TADA

Solution

Nous avons commencé avec un ensemble de données nettoyées qui comprenait plus de 53000 gènes de 90 patients. Il contenait également des informations sur qui, parmi ces 90 patients, était malade d’un cancer de l’utérus. D’autres informations telles que l’hérédité, les cancers en général, l’âge, le poids, la taille étaient prises en compte. 

TADA a aidé à reconnaître les facteurs clés, c’est-à-dire les quatre gènes les plus critiques dans un génotype de 53000+. Il a fallu trois jours pour effectuer cette analyse, alors qu’il faut six mois en moyenne. La fiabilité est excellente, avec 83% de Vrais Positifs, 74% de Vrais Négatifs.

Bénéfices client

En trois jours, les chercheurs en médecine ont acquis un avantage concurrentiel en :

  • Identifiant les 4 gènes essentiels pour distinguer le cancer de l’utérus sur 53 000+
  • Produisant des modèles ad hoc et des équations qui réduisent considérablement le coût global de diagnostic avec une fiabilité de 83 % de vrais positifs